Хамтарсан хөтөлбөрийн хувьд РОУИС болон хамтрагч их сургууль нэгдсэн сургалтын хөтөлбөрийг хамтран зохион бүтээж хэрэгжүүлдэг бөгөөд төгсөгчид хоёр байгууллагаас хамтран олгосон нэг зэрэг авдаг. Энэ нь эрдэм шинжилгээний хамтын ажиллагааны хамгийн гүнзгий хэлбэр юм — хоёр их сургууль суралцахуйн нэгдсэн үр дүн, нэгдсэн чанарын баталгаажуулалт, нэгдсэн дипломоо тохиролцдог.
РОУИС хамтарсан хөтөлбөрүүдээ гуч гаруй олон улсын түншлэл, мөн 2022 онд хамтарсан хөтөлбөр, багш болон ахисан түвшний оюутны солилцоо, хамтарсан бүтээл хэвлүүлэх чиглэлээр байгуулсан Казахстаны Абай Мырзахметовын нэрэмжит Кокшетау Их Сургуультай хамтарсан Боловсрол судлалын төвийн суурин дээр бүтээдэг.
Хамтарсан хөтөлбөрүүд хэсэгчлэн англи, хэсэгчлэн монгол хэл дээр явагддаг бөгөөд хоёр кампуст хоёуланд нь суралцах хугацаатай. Элсэлтийн шалгуур, кредит тооцох, хамтарсан зэргийн бүтэц зэргийг хоёр талт гэрээгээр урьдчилан тогтоодог тул оюутнууд эхлэхээсээ өмнө бүх замаа мэддэг.